Вода в Средиземном море появилась вследствие наводнения, предполагают, что наводнение состоялось приблизительно 5.5 миллионов лет назад. Вода заполнила море всего за два года.
Около 5,6 миллиона лет назад тектоническая активность в регионе привела к появлению на месте Гибралтара стены, которая отгородила море от океана, сделав его озером. До настоящего времени считалось, что в какой-то момент на перешейке возник гигантский водопад гораздо мощнее Ниагарского, который заполнил очень быстро
Произведенные исследования позволили ученым обнаружить желоб в перешейке длиной 200 километров и глубиной около 250 метров. Компьютерное моделирование позволило установить, что некоторое время вода переливалась через перешеек, только после определенного времени возник желоб.