Отчёт Росохранкультуры вызвал недовольство Счётной палаты. В первую очередь ведомство обвинили в том, что оно выдаёт разрешения на проведение реставрационных работ организациям, у которых нет специалистов с необходимой квалификацией и опытом. Как следствие, такие работы могут угрожать целостности и сохранности объектов искусства. Отказы получают примерно 1% обращающихся. В то же время около 60% лицензиатов не соответствуют в должной мере лицензионным требованиям. Причём в некоторых случаях речь идёт даже о сугубо формальных требованиях. Также Росохранкультура занимается охраной примерно 238 объектов культурного наследия. И это — из примерно 23 тысяч объектов, которые имеют федеральный статус охраны. Причём в список ведомства не попали объекты, находящиеся под охраной ЮНЕСКО. Росохранкультура практически не уделяет внимание тем объектам, которые не находятся в её списке.